De LiS leidt al sinds 1901 instrumentmakers op. Dit hebben we te danken aan Nobelprijswinnaar prof.dr. Heike Kamerlingh Onnes (1853-1926). Hij gaf zijn buitenlandse vaklieden de opdracht talentvolle jonge mensen op te leiden tot instrumentmaker.
Prof. dr. Heike Kamerlingh Onnes (1853-1926) was een natuurkundige die al vroeg het belang van instrumentmakers voor de wetenschap onderkende. Toen hij zijn carrière begon, was het de gewoonte dat de onderzoeker zijn eigen meetinstrumenten vervaardigde. Een, voor een wetenschapper met ambities, onbevredigende situatie omdat het onderzoek zo echt niet kon opschieten. Toen Kamerlingh Onnes in 1882 in Leiden benoemd werd tot hoogleraar in de experimentele natuurkunde, haalde hij dus al gauw technisch opgeleide mensen uit het buitenland. Kamerlingh Onnes voer er wel bij. Zijn onderzoek ook.
Kamerlingh Onnes kreeg wereldfaam vanwege zijn onderzoek naar het gedrag van gassen en wist door het vloeibaar maken van helium extreem lage temperaturen te bereiken waardoor ook het fenomeen van supergeleiding werd ontdekt. Het natuurkundig laboratorium van de Leidse universiteit wist door het onderzoek van Kamerlingh Onnes een wetenschappelijke voorsprong op heel de wereld te creëren op het gebied van onderzoek bij lage temperaturen. Omdat Kamerlingh Onnes er als eerste in slaagde het gasvormige helium zover af te koelen dat het vloeibaar werd, kreeg hij in 1913 de Nobelprijs voor natuurkunde. Het natuurkundig laboratorium (Nieuwsteeg 18 te Leiden) (later vernoemd naar Kamerlingh Onnes) werd daarmee wereldvermaard. Het is aan Kamerlingh Onnes te danken dat de Leidse instrumentmakers School bestaat. Op een bepaald moment heeft hij namelijk zijn buitenlandse vaklieden opdracht gegeven talentvolle jonge mensen te gaan opleiden tot bekwaam instrumentmaker.
Een opleiding die in 1901 geformaliseerd werd door de oprichting van de 'Vereniging tot bevordering van de opleiding tot instrumentmaker' en de "Leidse instrumentmakers School".
Vanaf dat moment werd het bestuur van de Vereniging in staat gesteld subsidies aan te vragen bij de overheid. Tot die tijd had Kamerlingh Onnes de opleiding gefinancierd en daarbij niet geschroomd om, als een soort sponsoring avant la lettre, regelmatig een beroep te doen op vrienden en bekenden.
Vanaf december 1997 heeft de school een eigen locatie betrokken aan de Einsteinweg 61 te Leiden (Bio Science Park). In de directe nabijheid liggen o.a. het Huygens- en het Gorlaeus Laboratorium maar ook diverse andere wetenschappelijke bedrijven. Hierdoor kan de opleiding nog meer contacten leggen met bedrijven en hun research.